De amfibieëntrek is minder spectaculair dan bijvoorbeeld de vogeltrek, de zwerftochten van sommige zeeschildpadden, of de trek van zalmen en forellen. Maar als je in ogenschouw neemt dat amfibieën noch kunnen vliegen noch 'langbenige duurlopers' zijn, dan zijn afstanden van 2 a 3 km en meer voor bijvoorbeeld een 10 cm grote watersalamander toch een geweldige prestatie.
Het trekgedrag van de Midden-Europese amfibieën is de afgelopen 20-30 jaar goed onderzocht. Hierbij stond de trek naar de voortplantingswateren centraal. Ondanks de inmiddels haast onoverzichtelijk geworden hoeveelheid literatuur over het trekgedrag van amfibieën, weten we nog altijd haast niets over de wijze waarop de dieren zich oriënteren; hoe is het bijvoorbeeld mogelijk dat een gewone pad jaar in, jaar uit hetzelfde voortplantingswater weet terug te vinden.
Het trekgedrag van de gewone pad staat hier enigszins vereenvoudigd model voor het trekgedrag van amfibieën, alhoewel de trekdynamiek van andere amfibieën hier natuurlijk vanaf kan wijken.
Alle paringsbereide padden van een populatie verzamelen zich ieder jaar ongeveer tegelijkertijd in een voortplantingswater en ook de voorjaarsactiviteit begint ongeveer tegelijkertijd. Dit kan bij buurpopulaties echter aanzienlijk verschillen. De temperatuur is één van de factoren die het begin van de trek beïnvloed. Als onderste grens geldt een temperatuur van 4-5°C. Deze temperatuur moet ook aanwezig zijn in de bodemlaag waarin de dieren overwinteren. Als tijdens de trek de temperatuur daalt, graven de padden zich weer in. Bij regen, een volgende factor, trekken meer dieren dan bij droogte. Ligt de temperatuur onder de kritische ondergrens terwijl er neerslag valt, dan blijven de padden trekken, de regen werkt dus compenserend. Ook wordt de trek beïnvloed door het licht. Hierbij is de 'schemeringsgraad' bepalend. Hierbij moet echter worden opgemerkt dat niet alle populaties van gewone padden uitsluitend 's nachts trekken. Dagtrek is onder andere bekend uit Engeland. Men stelde verder vast dat tijdens het begin van de trektijd met gunstig weer (hoge temperatuur, regen) minder dieren actief zijn dan aan het eind van de trektijd bij minder gunstige weersomstandigheden. Dit is te verklaren met een toenemende trekdrang, een inwendige, hormonaal gestuurde factor. De relatieve onafhankelijkheid van de actuele weersomstandigheden en het belang van, de inwendige factoren blijkt ook uit het feit dat bijvoorbeeld in januari -bij optimale weersomstandigheden geen enkele pad onderweg is. Bij ongunstig weer in maart is daarentegen de trek vaak in volle gang, iedere populatie heeft zo zijn eigen periode waarin het moet gebeuren.
Tijdens de doelgerichte trek naar het voortplantingswater eten de dieren niet. Omdat ook veel nog niet geslachtsrijpe dieren aan de trek deelnemen , is het de vraag of trek naar het water als onderdeel van de voortplanting gezien moet worden. Gewone padden zoeken in de regel voor de voortplanting hetzelfde water op, waarin zij zelf hun embryonale en larvale stadium en de metamorfose hebben doorgemaakt. De voortplantingsbereide dieren verzamelen zich in een bepaald deel van het water, de voortplantingsplek. Een onopgelost raadsel is de oriëntering tijdens de voorjaarstrek. Meerdere verklaringen die ook wetenschappelijk werden onderbouwd, stuiten tot nu toe steeds weer op tegenargumenten. In ieder geval is het onmogelijk dat de padden hun water zien, want zo komen over afstanden groter dan 1 km naar het water toe. Daar ze tijdens de trek ook andere wateren oversteken is oriëntering op basis van vochtigheid ook uit te sluiten. Een andere oriënteringsmogelijkheid zou op chemische prikkels kunnen zijn gebaseerd, met name de reukzin. Dit kan echter weerlegd worden door middel van verplaatsingsproeven, waarbij de padden niet in staat bleken hun chemische zintuigen in te zetten. Verdere hypothesen zijn tot nu toe niet bewezen: Oriëntering op basis van akoestische prikkels (paringsroep te zacht!); oriëntering op basis van omgevingsoriëntatie, de zwaartekracht, het opslaan van tastprikkels en inprenting van de eigen bewegingen; oriëntering langs een bepaalde richting en navigatie met behulp van de hemellichamen.
Na de korte voortplantingstijd van de gewone pad, ondernemen de dieren een doelgerichte trek naar de zomerkwartieren. De zomeractiviteit begint bij een temperatuur van 11 a 12°C en regen is hierbij noodzakelijk. Zijn deze weersomstandigheden niet aanwezig, dan graven de dieren zich in en blijven passief. Er vindt een 'omschakeling' naar hogere temperaturen plaats. Het merendeel van de dieren is op zo'n 500 - 1500 m afstand van het voortplantingswater te vinden. Tussen mei en augustus hebben de padden een vaste standplaats. Hun woongebied heeft een doorsnede van 50-150 m. Niet alle geslachtsrijpe dieren van een populatie nemen jaarlijks deel aan de voortplanting. De tijd tussen het bereiken van het zomerkwartier van de reproductieve padden en het begin van de activiteit van alle dieren van een bepaalde populatie wordt de latentietijd genoemd. In de herfst begint de nieuwe trek van de dieren die het volgende voorjaar aan de voortplanting deel zullen nemen in de richting van het voortplantingswater. De overige dieren blijven in hun zomerkwartier en graven zich daar in voor de winterrust. De herfsttrek vindt plaats tussen eind augustus en begin oktober. Slechts zelden wordt hierbij de voortplantingsplaats bereikt of worden zelfs al eieren afgezet, zoals in Groot-Brittannië is waargenomen. Padden waarvan het zomerkwartier verder van het water verwijderd is, beginnen in het najaar eerder met hun herfsttrek. Half oktober bevinden de meeste dieren zich in hun winterkwartier, dat nu zelfs bij gunstig weer niet meer verlaten wordt. Eventueel vindt in de winter, afhankelijk van de actuele temperatuur, een 'dieptetrek' plaats om bevriezing te voorkomen. De lange tijd veronderstelde eenvoudige trekschema van winter/zomerkwartier naar voortplantingswater en terug is bij de amfibieën waarschijnlijk alleen van toepassing op de knoflookpadden. Amfibieën trekken ook weg uit leefgebieden die niet meer in hun behoeften voorzien. Dit geldt vooral voor de soorten die dynamische biotopen als rivieruiterwaarden bewonen. Genoemd worden hier de geelbuikvuurpad en de rugstreeppad. Hierbij kunnen aanzienlijke afstanden worden afgelegd.
